首先諾基亞N81的軟體的格式為SIS格式，需要證書才能安裝的軟體在軟體打包之後為SISX格式，這兩種格式的應用軟體均能夠在諾基亞N81上進行安裝使用把下載好的第三版.sis軟體放到手機內存卡上，或者通過藍牙把軟體發送到手機上，然後通過手機上找到該文件後打開運行便開始安裝軟體，另外通過諾基亞PC
套件也可以安裝應用軟體，安裝的時候系統會有相關的內容提示，同時還會提示把軟體安裝到機身還是存儲卡上，一般建議用戶把軟體安裝到存儲卡或者8G的內存中，這樣即便手機初始化了之後系統還會自動安裝大多數的應用程序和軟體。
諾基亞N81除了能夠安裝專用的SIS軟體之外還能夠安裝JAVA應用程序，用戶只需要把需要安裝的JAVA程度中的JAR文件放到手機上即可進行安裝，步驟與SIS軟體的安裝過程一樣。所有安裝完後的應用程序或者軟體均能夠在「應用程序」這個菜單中找到，用戶如果安裝的軟體種類或者數量太多的話，還能夠進行建立文件夾，把程序的快捷方式移動分類，以方便用戶日後的查找。